La recherche et l'innovation ont été pleinement intégrées dans les travaux de l'Alliance CIVIS avec la création de deux nouveaux organes : un Conseil de la recherche (composé des vice-président·e·s chargé·e·s de la recherche de l'Alliance), organe stratégique et consultatif, et une Unité de recherche (composée de représentant·e·s des départements de recherche et des unités européennes des universités membres), qui est plus opérationnelle.
Une feuille de route Recherche & Innovation a été définie en septembre 2024 pour l'ensemble de l'Alliance et identifie cinq domaines stratégiques de collaboration :
- Partage et facilitation de l'accès aux infrastructures de recherche
- Soutien aux chercheurs en début de carrière
- Échange de bonnes pratiques en matière de soutien et de gestion de la recherche
- Recherche participative
- Réseautage et collaborations scientifiques au sein du CIVIS